Çeşitli sebeplerle bağışıklık sisteminin bozulması sonucu, bazı organ ya da dokuları vücudumuz yabancı gibi algılar ve bunlara karşı antikorlar üretir ve bu organ ya da dokuyu tahrip etmeye başlar. İşte vücudun kendi hücre ya da dokularına karşı geliştirdiği bu anormal immün yanıt sonucu gelişen hastalıklara otoimmün hastalıklar denir, oluşan antikorlara da otoantikor denir. Köken aynı olmakla birlikte antikor oluşan doku yada organa göre otoimmün hastalıkların isimleri değişir. Örneğin cilt hücrelerine karşı reaksiyon gelişirse Sedef ya da vitiligo, tiroid bezine karşı reaksiyon gelişirse haşimato ya da graves hastalığı, eklemlere reaksiyon gelişirse romatoid artrit ya da ankilozan spondilit, bağırsak hücrelerine karşı reaksiyon gelişirse çöliak, crohn ya da ülseratif kolit, sinir hücrelerine karşı reaksiyon gelişirse multipl skleroz dediğimiz hastalıklar ortaya çıkar. Bu hastalıkların hepsinin temelinde bağışıklık sisteminin yanlış kodlanması söz konusudur. Üstelik aşırı immün reaksiyonun devam etmesi otoimmün hastalıkların sayısının da artmasına neden olmaktadır.
Otoimmün hastalıkların sebebi olan bu bağışıklık sisteminin yanlış kodlanmasına bazen bir toksin, bazen bir virüs, bazen bir bakteri neden olabilmektedir.

Fonksiyonel tıp yaklaşımı ile tedavide de öncelikle yanlış kodlanan protein bulunur