Modern tıpta uygulanan tedaviler bazı prosedürlere de bağlı kalmak zorunda olduğundan hastalara yeterli zaman ayrılamamakta, aşırı uzmanlaşmanın özendirilmesi nedeniyle herkes kendi uzmanı olduğu organ ya da sistem çerçevesinden bakıp bir tedavi planlamaktadır. Tedaviler klasik laboratuvar ve radyolojik bulgu sonuçlarıyla sınırlı kalıp genetiğe ve metabolik özelliklere göre kişisel hale getirilememektedir. Ağırlık olarak kronik hastalıklara semptomatik tedaviler ile hastalık yönetimi yapılabilmektedir ve tam bir iyileşme genellikle mümkün olmamaktadır. Çünkü amaç sadece semptomu ortadan kaldırmaktır ,oysa ana sorunlar halen devam etmektedir.
Fonksiyonel tıp koruyucu hekimliği esas alır; hastalık ortaya çıkmışsa da arka planda bozulan fonksiyonların dengelenmesini ve düzenlenmesini planlar. Organ ya da tek bir sistem ile sınırlı kalmamakta vücuda bütünsel yaklaşmaktadır.

Hastalar incelenmeye öncelikle bağırsaklarından başlanır; çünkü bağırsak vücudun ikinci beynidir ve bağışıklık sisteminin orkestra şefidir. Tüm hastalıkların altında yatan temel problem ‘Geçirgen Bağırsak Sendromu’dur. Yani bağırsağın sızdırması veya aşırı geçirgenliğidir. Fonksiyonel tıp yaklaşımında önce bağırsaklardan başlanarak tüm sistemler değerlendirilir. Vücutta olmaması gereken fazlalıklar tespit edilip , bunların vücuttan uzaklaştırılması sağlanırken; eksiklikler de tespit edilip yerine koyma tedavisi yapılır. Bağırsaklar, detoks sistemi, vitamin ve mineraller, HPA aksı, hormonlar mutlaka her hastada değerlendirilir.